В настоящее время Президиумом НАМИ, при участии представителей научного и профессионального сообщества, реализуются Всероссийская программа по созданию Региональных советов, обеспечивающих полноценное участие региональных экспертов в формировании повестки, обсуждении и принятии экспертных решений.

В 2014 году, в рамках программы, было создано 10 Региональных советов НАМИ в следующих субъектах Российской Федерации:

Брянская область, Владимирская область, Воронежская область, город Москва, Краснодарский край, Нижегородская область, Псковская область, Республика Татарстан, Томская область, Тюменская область.

Руководителями Советов являются руководители МИАЦ, Министерств здравоохранения регионов, лечебно-профилактических и высших учебных заведений.

В дальнейшем число Региональных советов может быть доведено до 35. Цель - расширение организационных форм сотрудничества, предусмотренных уставом НАМИ, с целью вовлечения в работу специальных экспертных групп.